La stratégie générale du Défi Clé Circulades est définie par son conseil et mise en œuvre par son comité de direction et son chef de projet. Le Comité de suivi apporte un œil extérieur sur le déroulement du Défi et le respect des ambitions initiales.

La structuration scientifique combine des collèges par domaine scientifique et par ambition, chacun étant représenté au sein du conseil du Défi Clé Circulades. Ce dernier comprend également l’équipe de direction et des représentants de collectifs non scientifiques partenaires.